Surnommée la perle de York, Margaret Clitherow est née en 1556 dans cette même ville. Son père Thomas Middleton était un homme d’affaires respecté et était également le sheriff de York. Il décéda quand Margaret était agée de 14 ans. Margaret se maria en 1571 à John Clitherow, boucher de métier et chamberlain de la ville. De ce mariage furent issus trois enfants. Margaret se convertit au catholicisme trois ans après son mariage. Bien que son mari demeure attaché à l’église anglicane, il approuvait la conversion de son épouse puisque son propre frère était un prêtre catholique. John Clitherow payait les amendes auxquelles était condamnée sa femme pour non-présence aux offices anglicans.
Elle fut même emprisonnée à plusieurs reprises pour les mêmes raisons, ceci à tel point que leur troisième enfant, William, naquit en prison. Margaret risqua sa vie en hébergeant et en entretenant des prêtres catholiques, ce qui était un crime puni de mort en vertu de l’Acte contre les Jésuites de 1584. Elle mettait à leur disposition deux chambres attenantes à sa maison et loua également une maison proche où elle cachait les prêtres et où la messe était célébrée, bien qu’elle fût sous surveillance constante et que la persécution fit rage. Ainsi, la maison de Margaret devint l’un des principaux abris pour les prêtres fugitifs dans le nord de l’Angleterre. Ayant envoyé son fils ainé Henry au collège anglais de Reims pour qu’il s’y prépare à la prêtrise, John Clitherow fut interrogé par la police royale afin qu’il s’explique sur le départ à l’étranger de son fils. En Mars 1586, la maison familiale fait l’objet d’une perquisition brutale. Finalement, un jeune garçon, sous la terreur, révèle la cache des prêtres.
Margaret est alors arrêtée et convoquée devant les assises de York. Pour protéger ses enfants, elle refuse de plaider. Alors qu’elle est enceinte d’un quatrième enfant, elle est exécutée d’une horrible manière, le 25 mars 1586, le jour de la fête de l’Annonciation, qui coïncidait avec le Vendredi Saint cette année-là. Les anglicans suivent la procédure pour forcer aux aveux : Margaret sera soumise à l’écrasement. Elle est ligotée et bâillonnée, et étendue sur le sol, avec une pierre coupante de la taille d’un poing placée au bas de sa colonne vertébrale. Puis, les criminels placent la porte de sa propre maison par-dessus son corps, avant de la charger d’énormes pierres et d’autres poids, afin que la pression lui brise le dos et le corps. Le supplice de Margaret dura quinze minutes, puis elle rendit son âme au Tout-Puissant.
Margaret Clitherow fut béatifiée 15 décembre 1929 par le pape Pie XI, sa fête fixée au 30 aout.