Youssef Timothée Maroghin est né à Bagdad à la fin du XVIIe siècle. Eduqué chez les missionnaires capucins d’Amid, il est consacré évêque de Mardin par Mgr. Youssef II Silba Marouf en 1705. Après la mort de ce dernier, il devient patriarche et il est l’unique évêque chaldéen à avoir survécu à l’épidémie de peste qui fait rage dans les années 1710. Confirmé au patriarcat par le Siège Apostolique le 18 mars 1714, il prend le nom de Youssef III. Il devient le troisième patriarche issu de la lignée des joséphites, dont le fondateur Youssef I avait rejeté le nestorianisme en 1681 et rejoint l’unité catholique.
Son patriarcat est marqué par une augmentation considérable du nombre de fidèles catholiques dans la région d’Alqosh. Orateur éloquent, Mgr. Youssef reste célèbre pour avoir été à l’origine de la conversion de près de 3000 schismatiques orientaux dans sa juridiction pour la seule année 1723. Ces succès provoquèrent la furie du patriarche nestorien d’Alqosh, Eliya Denkha, qui fit arrêter le patriarche catholique à plusieurs reprises, par de fausses dénonciations aux autorités ottomanes. Les choses s’aggravèrent encore lorsqu’en 1726, les nestoriens occupèrent la cathédrale Saint Joseph et que les frères capucins furent expulsés d’Alqosh.
De plus, le patriarcat, isolé, avait de graves difficultés financières, criblé de taxes spéciales imposées par le gouvernement turc et rançonné par les pots-de-vin qui étaient nécessaires à libérer Mar Youssef de ses emprisonnements. En effet, le gouvernement turc considérait uniquement comme légal le « patriarcat » des nestoriens, plaçant le patriarcat catholique légitime dans une constante position de précarité.
Mar Youssef se décida à entreprendre un voyage en Europe en 1734 afin d’y récolter des fonds pour sa juridictions. Il trouva le concours des trônes de Pologne, d’Autriche et du Vatican, bien que sa moisson fût moins importante qu’il ne l’eut espéré. Entretemps, ces compatriotes catholiques à Constantinople obtinrent des autorités ottomanes la reconnaissance de l’autorité du patriarchat sur Amid et Mardin, bien qu’Alep et Mossoul demeuraient sous la domination des nestoriens, plaçant les catholiques chaldéens de ces localités dans une grave situation d’isolement social.
Se sentant vieillir, Mgr. Youssef désigna son successeur en la personne de Mar Antoun Galla, mais le Saint-Siège refusa, trop conscient de la valeur de ce précieux auxiliaire de l’Eglise. Il expira quelques années plus tard, le 23 janvier 1757, au terme d’un patriarcat long de plus de quarante ans.